Χειρουργείο το οποίο εκτελείται υπό γενική αναισθησία με τομή πλάγια ή εγκάρσια τραχηλική. Αφαιρείται ο καλοήθης όγκος σε όλη του την έκταση αφήνοντας ακέραιες τις υγιείς δομές γύρω από αυτόν. Στην αφαίρεση βραγχιακών κύστεων μεγάλη προσοχή χρειάζονται τα μεγάλα αγγεία του τραχήλου καθώς και τα διάφορα νεύρα της περιοχής. Όσον αφορά την αφαίρεση κύστης θυρεογλωσσικού πόρου, πρέπει να αφαιρείται και τμήμα του υοειδούς οστού ώστε να ελαχιστοποιηθούν οι περιπτώσεις υποτροπής. Η συρραφή του τραύματος γίνεται με πλαστική ώστε να μην υπάρχει κανένα μετεγχειρητικό σημάδι. Στον ασθενή μπορεί να χρειαστεί να τοποθετηθεί μία παροχεύτεση κενού η οποία αφαιρείται την επόμενη μέρα του χειρουργείου όπου και ο ασθενής εξέρχεται χωρίς κανένα πόνο.